Bei seiner Ankunft im Westjordanland wurde Kafischa von seinen Familienangehörigen und zahlreichen Vertretern der Hamas begrüßt. Unter ihnen war auch Parlamentssprecher Asis Dweik, dieser war erst im Juni aus dreijähriger israelischer Haft entlassen worden.
Während seiner Zeit im Ketziot-Gefängnis im Negev beendete er durch ein Fernstudium den Erwerb eines Doktortitels.
Laut der Tageszeitung „Jediot Aharonot“ war Kafischa zusammen mit weiteren Hamas-Mitgliedern in den Jahren nach der Entführung des israelischen Soldaten Gilad Schalits im Juni 2006 festgenommen worden. Es war bereits das sechste Mal, dass er von Israel verhaftet wurde. Insgesamt befand er sich zehn Jahre in israelischer Haft.
Hatem Kafischa gehörte zu den über 400 Hamas-Anhängern, die Israel nach der Ermordung eines seiner Grenzsoldaten im Dezember 1992 in den Südlibanon deportierte. 1993 kehrte der Palästinenser ins Westjordanland zurück.
