Die Strecke führte die Teilnehmer vom Gebäude der Knesset durch die Altstadt, vorbei an der Residenz des Premierministers, bis auf den Skopusberg mit der Hebräischen Universität. Der Tageszeitung "Jerusalem Post" zufolge liefen rund 1.100 Sportler die gesamten 42,195 Kilometer, der Rest lief die Hälfte davon oder weniger.
Erst am Mittwoch war am Busbahnhof in Jerusalem ein Sprengsatz explodiert. Die Veranstaltung fand daher unter hohen Sicherheitsvorkehrungen statt. Die Polizei setzte Hubschrauber, Beobachtungseinheiten und spezielle Patrouillen ein. Mehr als 2.000 Sicherheitskräfte befanden sich an der Strecke.
Verwirrungen gab es zum Schluss des Laufes bei der Feststellung des Siegers. Drei führende Läufer aus Kenia hatten am Ende versehentlich die geplante Strecke verlassen und waren den Halbmarathon-Teilnehmern zu deren Ziel gefolgt. Darunter war auch Raymond Kipkoech, der Gewinner des Laufes.
Die Idee zum Jerusalem-Marathon kam vom Bürgermeister der Stadt, Nir Barkat. Er ist selbst Läufer und nahm am Halbmarathon teil. Barkat war auch für den Verlauf der Strecke verantwortlich. Palästinenser hatten kritisiert, dass der Marathon durch Teile des von ihnen beanspruchten Ostjerusalems führte.